距离宇智波凛子的死亡已经过了两个月，木叶宇智波一族却仍不放弃的在寻找她的尸体。
根据旗木卡卡西的任务报告，宇智波凛子死前开启了万花筒写轮眼，万花筒写轮眼这种特殊的眼睛，在宇智波一族的记载中，只有那个传闻中与初代一起开创木叶的斑大人和他弟弟泉奈大人才有过。
如今万花筒写轮眼再次出现，对此，宇智波族长与长老的意见出奇一致：
无论如何，一定要找到宇智波凛子的尸体。
而木叶除了除了宇智波一族外，团藏率领的暗部‘根’也在偷偷寻找宇智波凛子的尸体。
这么做的原因不言而喻，团藏忌惮宇智波，不想他们继续强大的同时，也觊觎着宇智波一族最优秀的写轮眼。
然而所有人都没想到的是，失踪的宇智波凛子，还活着。
宇智波斑在她心脏被贯穿的前一秒救下了她，原因自然也是因为她在生死之间开启的万花筒写轮眼。
而被很多人以各种缘由看好宇智波凛子本人，重伤昏迷未醒。
宇智波凛子的名字被刻上了慰灵碑，与宇智波带土的名字紧紧贴在一起，成为木叶万千牺牲者中的一个。
旗木卡卡西成了慰灵碑前的常客，村里的事情，相熟的人的事情，周围的变化……他所知道的一切，都会一点一滴的诉说给两位好友。
半大的少年往往在慰灵碑前一待就是一整天。
除却待在慰灵碑前的时间过长，旗木卡卡西会帮助他人、保护同伴、认真完成任务……
他得到的称赞与认可越来越多，却愈发沉默寡言。
现在的他所做的一切都让人无可挑剔，可波风水门、野原琳和同届相熟的忍者迈特凯却都非常忧心他的状态，就连三代火影都时常问起。
究其原因，大概是少年站在慰灵碑前的身姿，太过单薄。却像是承担了世上所有的重量，在看不到尽头的黑暗中，孤单的前行，荒凉的让人心悸。
波风水门继承火影之名后，在上代火影的建议下，安排旗木卡卡西进入火影直属的暗部。
而水门班唯一的女孩，野原琳被分配到了工作繁忙的忍者医院。
之后不久，野原琳被正在救治的伤忍袭击，遇刺身亡。
经过调查，那名伤忍被证实是别国忍者。旗木卡卡西在未得到命令的情况下，强行突破看守人员，使用忍术‘千鸟’杀死了他。
鉴于情报已经得到，四代火影没有追究他的责任，对于这个弟子，波风水门也不知道该说什么好。
他只是个十三岁的少年，能忍耐到这个地步已经非常不容易了。
波风水门叹气，给了他十分充裕的假期。
旗木卡卡西在慰灵碑前站了三天，然后在波风水门欲言又止的表情中，回归了暗部。再次执行任务时，得到了‘冷血的卡卡西’这个称号。
同年，宇智波止水进入暗部‘根’，成为了宇智波家族安插在木叶暗部的又一枚棋子。
宇智波凛子意识恢复。
木叶48年，九尾袭击木叶，四代火影波风水门与其夫人漩涡玖辛奈双双阵亡，死前将九尾封印在他们刚出世的孩子鸣人体内，鸣人成为新的九尾人柱力。
从九尾事件中，宇智波一族察觉到木叶高层对他们的猜忌，因而对木叶的不满与日俱增。两者间的关系更加紧张。
旗木卡卡西因为四代目的死，听信了团藏‘三代想复位，所以见死不救’的挑拨，泄露给团藏暗杀三代火影至关重要的情报时，在根遇到了一个使用木遁的少年。
在调查木遁忍者的过程中，旗木卡卡西了解到更多的事情，最后，他将团藏的意图告知了三代火影。
三代火影将计就计，引蛇出洞。
任务过程中，从‘木叶需要木遁忍术’这样长远的角度考虑，旗木卡卡西放走了木遁少年。
任务成功结束后，旗木卡卡西主动请罪，三代火影欣慰的看着这个少年，没有追究他的责任。
木叶49年，大蛇丸叛逃木叶。
旗木卡卡西一路追踪，因实力差距而未能将他追回，在路途中，意外的与木遁少年‘天藏’多了份羁绊。
木叶51年，第三次忍界大战结束。
这几年间，宇智波斑一直不曾放弃试图将自己的世界观灌输给宇智波凛子，然而，除了让她的逃跑次数变得更多以外，没有其他成效。
木叶52年。
旗木卡卡西这年生日，收到了自来也送来的生日礼物。
——一本名叫《亲热天堂》的不良刊物，意外的成为了他最喜爱的书籍。
木叶53年，三代火影将宇智波家的天才少年分配到旗木卡卡西手下。
宇智波鼬成为年龄最小的暗部。
半年之后，宇智波鼬最敬重的兄长宇智波止水自毁双目，自杀身亡。
旗木卡卡西听到这个消息时愣怔了很久，然后，他缓缓合上了眼睛。
他应该怎么对带土和凛子说这件事？
第一次，旗木卡卡西踌躇着不知道该怎样走到慰灵碑前。
这一年，宇智波斑死亡，死前耗费了所有查克拉将宇智波凛子困在时空间忍术里。
宇智波凛子拼尽全力也无法逃出。
木叶55年，宇智波鼬晋升暗部队长。
不久后，宇智波一族密谋叛逃木叶，一心守护木叶的宇智波鼬灭杀了宇智波全族，只留下了他年幼的弟弟，宇智波佐助。
挚爱着木叶的少年背负起叛忍的名义进入了名为‘晓’的组织，成为了他不惜一切也要守护的人们所痛恨的对象。
至此，曾经无比辉煌的宇智波一族彻底成为了历史。
而经过两年的时间，宇智波凛子终于成功打破了宇智波斑留在人世的最后一个忍术，没想到却被卷入了时空乱流当中。
木叶58年，旗木卡卡西退出暗部，成为担当上忍。
曾经那个桀骜冷漠的少年蜕变成了一个温暖懒散的青年……嗯，可能在一些很小的孩子眼里，只是一个发型奇特、有着不良爱好的奇怪大叔。
虽然成为了担当上忍，但连续两年，都没人能从他手下合格。
直到木叶60年，旗木卡卡西才终于成功组建了自己的班级。有了三名十分麻烦的部下。
漩涡鸣人、宇智波佐助、春野樱。
——《火影忍者》故事开始的地方。
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